Les collections du Chevalier Jean-Charles de Borda, mathématicien et marin célèbre pour ses instruments de navigation et sa participation à la création du système métrique, ainsi que celles de Jacques-François Borda d'Oro, paléontologue et naturaliste landais, sont à l'origine du musée.
Le musée possède des objets autour de l'archéologie, de la préhistoire à l'époque médiévale (outils lithiques, éléments d'architecture, inscriptions, autels votifs, numismatique, céramiques et sculptures...), d'arts décoratifs de Dax, de sciences fondamentales et de sciences de la nature (herbiers).
